Значение слова «флаг-капитан»

• ФЛАГ-КАПИТА́Н, -а, м. Старший офицер в штабе флагмана (в 1 знач.) в русском военно-морском флоте, выполнявший обязанности начальника штаба. [Адмирал] немедленно «убрал» Ратмирцева, предложив ему совершенно неответственное место флаг-капитана. Станюкович, Беспокойный адмирал.

Источник (печатная версия): Словарь русского языка: В 4-х т. / РАН, Ин-т лингвистич. исследований; Под ред. А. П. Евгеньевой. — 4-е изд., стер. — М.: Рус. яз.; Полиграфресурсы, 1999; (электронная версия): Фундаментальная электронная библиотека

• Флаг-капитан — должность в военно-морском флоте, соответствующая начальнику штаба флота или соединения кораблей (в случае, если эту должность занимал штаб-офицер, а не адмирал). Флаг-капитану подчиняются все остальные офицеры штаба. В английском флоте XVIII — XIX века флаг-капитан командовал флагманским кораблём эскадры или флота. В российском императорском флоте в штабах командующих флотом предусматривались две флаг-капитанские должности: по оперативной и распорядительной части. Согласно статье 110 Морского устава российского императорского флота, флаг-капитан не мог возглавить эскадру после гибели командующего, и командование должно было перейти к старшему из флагманов.
  
  В XVIII веке флаг-капитан представлял в своём лице весь походный штаб командующего, но эта должность означала практически автоматическое получение отличий в случае успешных боевых действий флота, даже если её обладатель лично ничем не отличился в бою.

Источник: Википедия

• ФЛАГ-КАПИТА'Н, а, м. (воен. мор.). Лицо, исполняющее обязанности начальника штаба флагмана (см. флагман в 1 знач.).

Источник: «Толковый словарь русского языка» под редакцией Д. Н. Ушакова (1935-1940); (электронная версия): Фундаментальная электронная библиотека